Обживали эти места и люди позднейших эпох — неолитической (стоянки в устье Черной и Песчаной балок), энеолитической (кеми-обинская стоянка у горы Лысой, древнейшие для этих мест курганы с погребальными каменными ящиками), эпохи бронзы. На рубеже бронзового и железного века, судя по древним письменным источникам, эти места заселяли легендарные племена киммерийцев, истых степняков, интересы которых сталкивались здесь с интересами других древних обитателей полуострова — тавров, типичных горцев.

Около середины VI в. до н. э. на берегу Феодосийской бухты высадились греки, выходцы из Милета — города в Малой Азии. Они основали небольшую колонию-факторию, которая переросла вскоре в обычный, характерный для той поры греческий город с портом, названный Феодосией (по-гречески «богом данная»). Существовало ли здесь какое-либо поселение до греков, сказать трудно. Вряд ли фактория возникла на пустом месте, однако с ее основания принято исчислять возраст города.