Века X—XIII отмечены вторжением кочевников, вначале печенегов и половцев, а затем полчищ монголо-татар. В 70—80-х годах XIII в. на месте древней Феодосии генуэзские купцы по договору с золотоордынским ханом Оран-Тимуром основали свою торговую факторию Кафу. Это название сохраняется за Феодосией до 1787 г.
Уже к 1318 г. Кафа становится городом, в котором учреждена епархия. Тогда же она обносится бревенчатой стеной, а в • XIV— XV вв. — каменными стенами и башнями. Первые оборонительные сооружения построены в 1342 г. при консуле Джиованни ди Скаф-фа. На протяжении двух столет-ий Кафа была опорным и административным центром генуэзских колоний в Крыму. В 1345 г., после длительной осады, городом завладел золотоордыиский хан Джанибек.

Вторично расцвет Кафы начался со второй половины XIV и продолжался до 50-х годов XV в. Сюда шли товары с Ближнего и Дальнего Востока, из Восточной и Западной Европы. Товары здесь можно было приобрести самые разнообразные, широко практиковалась и торговля невольниками. В 1472 г. в Кафе останавливался после «хожения за три моря» русский купец Афанасий Никитин.
Богатства Кафы накапливались в руках: купцов и правящей верхушки, главным образом хозяев города — генуэзцев. Невольники, беднейшие слои населения подвергались жестокой эксплуатации. Это вызывало неоднократные народные восстания — в 1454, 1456, 1463, 1471, 1475 гг. Во время одного из них (в 1454 г.) кафинцы вышли в город с кличем: «Да здравствует народ! Смерть знатным!». В 1471 г. число восставших доходило до трех тысяч человек.