В 1-475 г. Кафу захватили турки, переиначив ее имя на свой лад — Кефё. Город блог стал центром крымских владений султана и крупным пунктом работорговли. Население его к началу XVII в. достигало 80 тыс. человек, а в гавани находилось до 150 судов одновременно.

Турецкая Кефе и Крымское ханство что очень интересно, были опасным очагом агрессии, и отсюда совершались опустошительные набеги на русские и украинские земли, что не могло не вызвать и ответной реакции. В 1616 г. запорожские казаки во главе с гетманом Конашевичем-Сагайдачным осадили и взяли крепость Кефе, затопив на рейде турецкие суда. В 1628 г. здесь побывали казаки под началом гетмана Михаила Дорошенко. Не один раз осаждали крепость запорожцы под предводительством кошевого атамана Ивана Сирко.

Окончательная победа над Османской империей и ханством пришла в период русско-турецкой войны 1768—1774 гг. 29 июля 1771 г. войска 2-й русской армии под командованием генерал-аншефа князя В. М. Долгорукова с боем взяли Кефе. После присоединения Крыма к России городу по рассказам свидетелей было возвращено его древнее имя — Феодосия. К концу XVIII в. небольшой уездный городок, население которого составляло немногим более 3 тыс. человек, получает право беспошлинной торговли.